Créée en 1971, l'association Saint-Paul est administrée par un conseil d'administration qui  a en charge la gestion de l'établissement et la défense de ses intérêts matériels et moraux. Cette instance adopte chaque année le budget du lycée-collège Saint-Paul à partir des besoins pédagogiques et matériels qui sont exprimés par la Directrice.

Pour mener à bien son action, l'association Saint-Paul bénéficie du concours d'un commissaire aux comptes pour l'élaboration des documents comptables et financiers.

L'association a en charge l'entretien et la rénovation des bâtiments et des locaux mis à la disposition de la communauté éducative. Elle veille à ce que les élèves bénéficient des meilleures conditions de travail au sein de l'établissement et de toutes les avancées technologiques en matières d'équipements informatiques.

L'association emploie 26 agents, dont la Directrice, répartis entre les secteurs de la surveillance, de l'administration et de service.

L'association Saint-Paul est très attachée au caractère propre de cet établissement d'enseignement catholique ouvert à tous.